E331 wordt in de voedingsindustrie gebruikt als zuurteregelaar, stabilisator en emulgator. Het wordt toegevoegd aan dranken, desserts, zoetwaren, zuivelproducten, sauzen en fruit- en groentebereidingen.
Trinatriumcitraat wordt ook gebruikt om de textuur te verbeteren en de houdbaarheid van producten te verlengen. Dankzij zijn eigenschappen wordt het gebruikt in recepten waarbij een zuur-base-evenwicht en microbiologische stabiliteit vereist zijn.